Túlzottan magabiztosnak nevezte az Assisi jelképének számító Szent Ferenc bazilika alsó templomában zajló restaurálást Francesco Scoppola, a minisztérium műemlékvédelmi igazgatója. Véleménye szerint az eddigi helyreállítási munkák teljesen megváltoztatták a bazilika falait fedő freskósorozat eredeti színárnyalatait, és a restaurálás következtében több helyen teljesen láthatatlanná váltak az ábrázolások részletei. A freskókat a középkori itáliai festészet legnagyobb művészei – Giotto (1267-1337), Simone Martini (1284-1344) és Pietro Lorenzetti (1280-1348) – festették.
Scoppola úgy fogalmazott:
„Assisi bazilikája háborúkat és földrengéseket is túlélt, egy restaurálás sem okozhat nagyobb károkat”
A bazilikában szolgáló ferences szerzetesek az umbriai műemlékvédelmi felügyelet véleményét is kikérték, amely szerint azonban a restaurálás semmilyen kárt nem okozott a középkori freskókban. A restaurátorok egyszerűen eltávolították a freskókat fedő szennyeződésréteget, és emiatt a freskók színei szokatlanul világossá váltak.
Az Assisi bazilikának az egész világon ismert freskóit utoljára 1968-ban restaurálták. Az 1997-es umbriai földrengésben a bazilika felső templomának mennyezete leomlott és 80 ezer apró darabra tört. Ezeknek csak egy részét sikerült felhasználni az újjáépítéshez, amely 2006-ra ért véget.
